Первые протестантские (немецкие) общины появились в России ещё при жизни Лютера (при царе Василии III). И в дальнейшем московские цари предпочитали приглашать в Россию протестантов, а не католиков; всем им гарантировалась полная свобода вероисповедания (хотя в выписке Посольского приказа (1695) говорилось, что «люторы и кальвины… отстоят еретичеством своим от восточного благочестия дальше католиков»). Всем иноверцам ставилось жёсткое условие: не пытаться обращать православных в свою веру; попытки миссионерства карались с крайней жестокостью (обычно костром).
Количество протестантов в России увеличилось с присоединением Прибалтики и Польши, а в XIX веке — Финляндии. В конце XVII века в Москве были 3 лютеранские церкви и одна реформатская; вскоре кирхи и протестантские школы появились в Астрахани, Архангельске и др. крупных торговых городах. Начиная с Петра I, делами российских иноверцев ведал Синод (позднее — Юстиц-коллегия). Им дозволялись браки с православными при условии, что дети будут воспитываться в православии. При Екатерине II поощрялось расселение немцев в Саратовской и Самарской губерниях.
В 1832 г. Николай I утвердил Устав протестантских церквей в Российской империи. По уставу, общины избирали высший совет (конвент), следивший за соблюдением религиозных и государственных законов. Правовое положение пастора приравнивалось к дворянскому, часть его жалованья шла из казны.
Все вероучения делились на 4 класса: православие, другие христиане, раскольники, нехристиане. Второй класс (инославные), в свою очередь, особо выделял официально признанные конфессии (лютеране, англикане, реформаты), прочие назывались просто «сектами», причём среди них выделяли «особо вредные секты» (в первую очередь баптистов). С ходом времени в России появились и собственные неправославные общины (хлысты, скопцы, духоборы, молокане, штундисты и др.), вероучение которых местами было близко к протестантскому. «Сектантов» власти беспощадно притесняли. Свод законов Александра II подтвердил запрет на миссионерство, отчего особенно страдали российские баптисты и евангельские христиане. Распространение евангельского христианства и баптизма в империи особенно усилилось во второй половине XIX века. К 1910 г. число евангельских христиан и баптистов в России, по их собственным оценкам, выросло до 100000.
Только 17 апреля 1905 года Николай II подписал указ «Об укреплении начал веротерпимости», по которому отпадение от православия перестало быть уголовным преступлением. Всего в 1912 году протестанты составляли 4,85 % всего населения России; в Петербурге их было намного больше: 12,59 %, а число крупных протестантских храмов в столице достигло 22.
В 1914 году, в связи с началом войны, резко усилились антинемецкие настроения. Многие немцы-протестанты уехали на историческую родину. В советское время протестантские общины подвергались гонениям наравне с православными и католиками.
